Tradycje kształcenia muzycznego w Akademii Pomorskiej w Słupsku (uprzednio Wyższej Szkoły Pedagogicznej, następnie Pomorskiej Akademii Pedagogicznej) sięgają roku 1979, kiedy uruchomiono magisterski kierunek studiów Wychowanie Muzyczne. Od tego czasu jednostka organizacyjna, w której prowadzono ten kierunek studiów – Zakład Wychowania Muzycznego przeszła liczne reorganizacje: W 1990 r. powołano Katedrę Wychowania Muzycznego, (kierownik. Prof. Henryk Stiller). Do roku 1999 prowadzono nabór na magisterski kierunek Wychowania Muzycznego, następnie zaś na skutek przyjętej wówczas strategii rozwoju uczelni, Senat WSP podjął decyzję o łączeniu obu kierunków – pedagogika i wychowanie muzyczne, a tym samym powołanie nowej specjalności pedagogiki – edukacja muzyczna i rezygnacji z rekrutacji w roku akademickim 1999/2000 na kierunek wychowania muzycznego.

Następnym krokiem była reorganizacja jednostki, likwidacja (czerwiec 2000 r.) Katedry Wychowania muzycznego oraz powołanie w strukturze Instytutu Pedagogiki dwóch zakładów – Zakład Sztuki Muzycznej (kier. Prof. Leszek Kułakowski) oraz Zakład Edukacji Artystyczno-Estetycznej (kier. Dr Jarosław Chaciński). Struktura ta przetrwała do roku 2002, kiedy postanowiono przywrócić samodzielną jednostkę organizacyjną pod nazwą Katedry Sztuki Muzycznej (kierownik Prof. Leszek Kułakowski).                   

Niemal równocześnie z powołaniem samodzielnej jednostki organizacyjnej podjęto starania o uruchomienie kierunku studiów Edukacji Artystycznej w zakresie Sztuki Muzycznej. Decyzją Ministra Edukacji Narodowej i Sportu z dnia 14 kwietnia 2004 roku uruchomiono studia Edukacji Artystycznej w zakresie Sztuki Muzycznej na poziomie 3 letnim zawodowym. Pierwszy nabór na wymieniony powyżej kierunek studiów na rok akademicki 2004/2005 przeprowadzony został w czerwcu 2004 r., jednocześnie rezygnując z rekrutacji na specjalność pedagogiki - edukacja muzyczna.

Dnia 26 stycznia 2005 r. w miejsce Katedry Sztuki Muzycznej powołano Instytut Muzyki

Na przestrzeni tych 30 lat istnienia placówki pracowali w niej m.in. znani kompozytorzy: Kazimierz Rozbicki, Andrzej Cwojdziński, chórmistrz Henryk Stiller, "wizjoner jazzu", kompozytor Leszek Kułakowski, znakomici chórmistrzowie Roman Grucza, Marek Rocławski, Roman Drozd. 

W chwili obecnej Instytut Muzyki zatrudnia w pełnym wymiarze godzin 3 profesorów (prof. Monika Zytke, prof. Joanna Bernagiewicz, prof. Katarzyna Chacińska) oraz dwóch profesorów wizytujących (prof. Friedhelm Brusniak z Niemiec i prof. Dariusz Terefenko z USA) oraz adiunktów, starszych wykładowców i asystentów z różnych dyscyplin muzycznych - instrumentalistyka, dyrygentura, wokalistyka, kompozycja, choreografia, teoria muzyki. Wykładowcy Instytutu to uznani muzycy, koncertujący w kraju i za granicą.